Snoep Groep
???GROEPLEIEER: Prof. Jacky Snoep
Posisie: Professor
Kantoor: A114 JC Smuts Building
Foon: +27-(0)21-808-5844
Faks: +27-(0)21-808-5863
Epos: jls@sun.ac.za
Opleiding en werkservaring
BSc/MSc, 肆客足球 of Amsterdam (NL), 1983-1988
PhD, 肆客足球 of Amsterdam (NL), 1988-1992
Postdoctoral fellow, 肆客足球 of Florida (USA), 1992-1994
Postdoctoral fellow, Netherlands Cancer Institute, 1994
Assistant Professor, Vrije Universiteit, Amsterdam (NL), 1994-2000
Associate Professor, Vrije Universiteit, Amsterdam (NL), 2000-2010
Professor, Stellenbosch 肆客足球 (SA), 2000-2013
Professor, Manchester 肆客足球 (UK), 2006-
Professor, Vrije Universiteit, Amsterdam (NL), 2010-
2013 – SARCHI navorsingsprofessor, Universiteit Stellenbosh, Suid-Afrika
Pryse en funksies
NRF gradering: B2
Redakteur vir wetenskaplike joernale: FEBSJ, IET Systems Biology, Microbiology and Metabolomics
Direkteur JWS Online
Direkteur Fermentasie-eenheid
Navorsingsfokus
Rekenaar-gedrewe Sisteem Biologie, Metaboliese Kontrole-analise, Kontinue Kultivering, Kinetiese Modellering.
Navorsingsonderwerpe
Meganistiese modellering van metabolisme in die siektetoestande van malaria, tipe-2 diabetes, tuberkulose en MIV infeksie.
Navorsing samevatting
Die Snoep laboratorium se navorsing is in die veld van rekenaar-gedrewe sisteem biologie; dit is 'n gekombineerde eksperimentele, modelmatige en teoretiese benadering om tot 'n kwantitatiewe begrip te kom van die funksionele gedrag van biologiese sisteme op grond van die karakteristike van die sisteem se komponente. Ons fokus op die metabolisme van menslike patogene-organismes soos Plasmodium falciparum en Mycobacterium tuberculosis, en op modelering van siektetoestand van tipe-2 suikersiekte en MIV patogenese op totale liggaamsvlak.
Navorsing beskrywing
Modellering van Plasmodium falciparum
In Afrika sterf daar elke 30 sekondes 'n kind weens malaria. Die verspreiding van teenmiddel-weerstandige stamme van Plasmodium maak dat die siekte weer sterker uitbrei en sal maak dat meer slagoffers sterf tensy nuwe medisyne ontwikkel word. Omdat Plasmodium volkome afhanklik is van glikolise vir energie-voorsiening, is daar verskeie glikolitiese ensieme wat as moontlike teenmiddel teikens kan dien. Om die metaboliese padweg as 'n geheel te analiseer het ons 'n kinetiese model van glikolise in die aseksuele vorm (bloedstadium) van Plasmodium falciparum gemaak, gebaseer op eksperimenteel-gemete ensiemeienskappe en gevalideer met fluksiemetings in intakte parasiete en inhibisie eksperimente. Die model word tans uitgebrei tot op die volle ligaamsvlak vir modellering van glukose metabolisme in malaria pasiente.
Huidige groep: Francois Brand, Nicolas Walters, Robert Burger, Lene Oosthuizen, Dawie van Niekerk, Jacky Snoep
Gegradueerde studente: PhD Gerald Penkler, Francois du Toit; MSc Waldo Adams
Hierargiese modellering van siektetoestand op volle ligaamsvlak
Teenmiddels het meestal 'n spesifieke doelwit, gewoonlik beinvloed dit net een enkele chemiese reaksie, terwyl 'n siektetoestand sigself manifesteer op die volle ligaamsvlak. Om die effek van 'n inhibisie van 'n enkele reaksiestap te evalueer op die volle liggaamsvlak sal daar 'n multi-vlak of hierargiese benadering noodsaaklik wees. Ons ontwikkel 'n wiskundige modelleringsraamwerk om die effek van teenmiddels op die volle liggamsvlak te simuleer. Die raamwerk is generies maar sal toegepas word op die simulasie van glukose metabolisme in malaria pasiente.
Huidige groep: Danie Palm, Kathleen Green, Carla Louw, Johann Eicher, Dawie van Niekerk, Jacky Snoep
Data en model besuur
Ons het in 2001 die webgebaseerde simulator en databasis JWS Online beskikbaar gemaak, en sedertien steeds die diens instand gehou en aktief verder ontwikkel en verbeter. Die model databasis bevat nagegaande wiskundige modelle vir biologiese sisteme wat gepubliseer is in die wetenskaplike literatuur. Vir modeluitruil werk ons saam met die EBI Biomodels databasis, en JWS Online is geintegreer in groot Europese sisteem biologie inisiatiewe vir model en data bestuur. Een van die huidige groot inisiatiewe is FAIRDOM in die ERASysApp program waarin JWS Online die simulator is wat geintegreer is in die SEEK platform.
Huidige groep: Johann Eicher, Dawie van Niekerk, Jacky Snoep
Nadoktorale genote en navorsers wat op die projek gewerk het: Brett Olivier, Cor Stoof, Carel van Gend, Franco du Preez, Danie Palm
Cholesterol metabolisme in Mycobacterium tuberculosis
M. tuberculosis is die bakterie wat verantwoordelik is vir TB, en kan groei op cholesterol as die belangrikste koolstof en energiebron, waarvoor 'n metaboliese padweg gebruik word met baie reaksiestappe wat nie in die gasheer gevind word nie. Ons het 'n gekombineerde eksperimentele en modelleringsprojek begin om die fluksiekontrole-distribusie in die padweg te bepaal, as 'n eerste stap om moontlike teenmiddel teikens te indentifiseer in die belangrike menslike patogeen. Die projek word gedoen in samewerking met die groep van Prof V. Mizrahi by die universiteit van Kaapstad waar die eksperimentele werk met M. tuberculosis gedoen sal word terwyl die ensimologiese studies en modelleringswerk by US sal plaasvind.
Samewerking by UK: Joanna Evans, Digby Warner, Valerie Mizrahi
Huidige groep US: Alana de la Harpe, Francis van den Berg, Johann Eicher, Jacky Snoep
Insulien-seinstransduksie in spierselle
In 'n projek waarin ons uiteindelik tipe-2 diabetes wil bestudeer het ons begin met die konstruksie en validering van wiskundige modelle vir die insulien-seintransduksie padweg en die koppeling met glukose opname en metabolisme in spierselle. Dit is 'n gekombineerde eksperimentele en modelleringsprojek in samewerking met die groep van Prof K. Myburg in die Fisiologie departement van US vir die selkweek.
Huidige groep: Stefan Kuhn, Cobus van Dyk, Tessa Little, Jacky Snoep
MIV patogenese en epidemiologie
In die projek beoog ons om eers 'n oorsig te kry van die huidige wiskundige modelle vir MIV patogenese op volle liggaamsvlak en epidemiologie op die populasievlak. Op grond van daardie oorsig sal dan 'n besluit geneem word of meganistiese modelle, in teenstelling met die fenomenologiese modelle wat tradisioneel gebruik word, 'n beter voorspellende vermoe sal he.
Huidige groep: Jalene van Zyl, Jacky Snoep
Gegradueerde studente: MSc Alana de la Harpe
Geselekeerde publikasies
Penkler, G., du Toit, F., Adams, W., Rautenbach, M., Palm, D.C., van Niekerk, D.D., Snoep, J.L. (2015) Construction and validation of a detailed kinetic model of glycolysis in Plasmodium falciparum. FEBS J. 282: 1481-1511.
Gustavsson, A-K., Niekerk, D.D., Adiels, C.B., Kooi, B., Goksor, M., Snoep, J.L. (2014) Allosteric regulation of phosphofructokinase controls the emergence of glycolytic oscillations in isolated yeast cells. FEBS J. 281:2784-2793.
Villiers, M., Barnard, L., Koekemoer, L., Snoep, J.L., Strauss, E. (2014) Variation in pantothenate kinase type determines the pantothenamide mode of action and impacts on coenzyme A salvage biosynthesis. FEBS J. 281: 4731-4753.
Geenen, S., du Preez, F.B., Snoep, J.L., Foster, A.J., Sarda, S., Kenna, J.G., Wilson, I.D., Westerhoff, H.V. (2013) Glutathione metabolism modeling: a mechanism for liver drug-robustness and a new biomarker strategy. BBA 1830: 4943-4959.
Kouril, T., Esser, D., Kort, J., Westerhoff, H.V., Siebers, B., Snoep, J.L. (2013) Intermediate instability at high temperature leads to low pathway efficiency for an in vitro reconstituted system of gluconeogenesis in Sulfolobus solfataricus. FEBS J. 280: 4666-4680.
BESOEK ONS AANLYN MODELLERINGS-WEBTUISTE: JWS Online Cellular Systems Modelling?
